تحتفل الكنيسة القبطية الارثوذكسية بذكرى نياحة البابا ميخائيل، وقال السنكسار الكنسي ان هذا الأب كان راهبا بدير القديس مقاريوس وكان عالما زاهدا . فلما تنيح سلفه البابا ثاؤذوروس الخامس والاربعون اجتمع أساقفة الوجه البحري وكهنة الإسكندرية فى كنيسة الأنبا شنوده بمصر . وحصل خلاف بينهم على من يصلح ، وأخيرا استدعوا الأنبا موسى أسقف أوسيم والأنبا بطرس أسفف مريوط .
ولما حضرا وجد الأنبا موسى تعنتا من كهنة الإسكندرية فزجرهم على ذلك وصرف الجمع هذه الليلة حتى تهدأ الخواطر . ولما اجتمعوا فى الغد ذكر لهم اسم القس خائيل الراهب بدير القديس مقاريوس . فارتاحوا الى اختياره بالإجماع . وحصلوا على كتاب من والى مصر الى شيوخ برية شيهيت ( وادي النطرون ) ولما وصلوا الى الجيزة وجدوا القس خائيل قادما مع بعض الشيوخ لتأدية مهمة معينة فامسكوه وقيدوه وساروا به الى الإسكندرية وهناك رسموه بطريركا فى 7 1 توت سنة460 ش ( 4 1 سبتمبر سنة 743 م ) .
وحدث أن امتنع المطر عن الإسكندرية مدة سنتين ، ففي هذا اليوم هطلت أمطار غزيرة مدة ثلاثة أيام . فاستبشر الإسكندريون بذلك خيرا . وفى عهد خلافة مروان آخر خلفاء الدولة الأموية وولاية حفص بن الوليد ، جرت على المؤمنين فى أيام هذا الأب شدائد عنيفة ، وهاجر البلاد المصرية عدد كبير من المؤمنين كما بلغ عدد الذين أنكروا المسيح أربعة وعشرين ألفا . وكان البطريرك بسبب ذلك فى حزن شيد جدا الى . أن أهلك الله من كان سبب ذلك .
وقد تحمل هذا الأب البطريرك مصائب شديدة من عبد الملك بن مروان الوالي الجديد ، كالضرب والحبس والتكبيل بالحديد ، وغير ذلك من ضروب التعذيب الأليمة . ثم أطلق فمضى الى الصعيد وعاد بما جمعه الى الوالي فأخذه منه ثم ألقاه فى السجن . فلما علم بذلك كرياكوس ملك النوبة استشاط غضبا ، وجهز نحو مئة ألف جندي وسار الى القطر المصري واجتاز الصعيد قاتلا كل من صادفه من المسلمين ، حتى بلغ مصر ، فعسكر حول الفسطاط مهددا المدينة بالدمار . فلما نظر عبد الملك الوالي جيوشه منتشرة كالجراد ، جزع وأطلق سبيل البطريرك بإكرام ، والتجأ إليه أن يتوسط فى أمر الصلح بينه وبين ملك النوبة . فلبى دعواه وخرج بلفيف من الاكليروس الى الملك وطلب منه أن يقبل الصلح من عبد الملك فقبل وانصرف الى حيث أتى فأعز عبد الملك جانب المسيحيين ورفع عنهم الأثقال .
وزاد فى اعتبارهم عندما صلى الأب البطريرك من أجل ابنة له كان يعتريها روح نجس ، وبصلاته خرج منها الروح النجس . وحدثت مناقشات بين هذا الأب وقزما بطريرك الملكيين عن الاتحاد . فكتب إليه الأب خائيل رسالة وقع عليها مع أساقفته قائلا : " لا يجب أن يقال ان فى المسيح طبيعتين مفترقتين بعد الاتحاد ولا اثنين ولا شخصين " . واقتنع قزما بذلك ورضى أن يصير أسقفا على مصر تحت رياسة الأب خائيل ، الذي لما أكمل سعيه وجهاده انتقل الى الرب الذي أحبه بعد أن قضى على الكرسى المرقسى ثلاثا وعشرين سنة ونصف